هیئت رئیسه اتاق اصناف تهران انتقادات خود را به سامانه نوین اصناف مطرح کردند که صدور جواز بدون دریافت مستندات، اضافه نشدن گزینه ابطال یا تعلیق جواز کسب برای اتحادیه‌ها و رعایت نشدن قانون نظام صنفی در این روند از جمله این انتقادات است.

معاون تجارت و خدمات وزارت صمت گفت که درگاه ملی مجوزها صرفا برای نظارت ایجاد شده و در قانون هم همین بوده است، بنابراین اگر درست اجرا می‌شد نیاز به درخواست اصلاح نبود؛ پس اینکه گفته می‌شود قانون تسهیل مجوزها، قانون نظام صنفی را فسخ کرده، درست نیست.